Kako u to vrijeme kroz Đakovo nije prolazila željeznica, umjetnine su dopremljene kolima na postaju u Vrpolju, odakle su krenule put Zagreba. Složenost onodobne željezničke mreže, kao odraz tadašnjih političkih prilika te suprotstavljenosti gospodarskih interesa Beča i Budimpešte, odražava i komplicirana ruta kojom je prevezena Strossmayerova zbirka, a uključivala je sljedeće dionice: Vrpolje – Dalj, Dalj – Vilanj (mađ. Villány), Vilanj – Pečuh (mađ. Pécs), Pečuh – Barč (mađ. Barcs), Barč – Žakanj (mađ. Zákány), Žakanj – Zagreb. U Arhivu HAZU sačuvana su svjedočanstva iz korespondencije između Akademije, Odjela za bogoštovje i nastavu Zemaljske vlade te nadležnih željezničkih ravnateljstava, kod kojih se pokušavalo ishoditi oprost od plaćanja pristojbe za prijevoz ili njezino umanjenje.
Pruga između Dalja i Vilanja prelazila je Dravu u Osijeku dotrajalim drvenim mostom, koji se naposljetku urušio pod prolazećom željezničkom kompozicijom u rujnu 1882. godine.
Kako se do svršetka izgradnje novoga željezničkog mosta, krajem godine, promet odvijao cestovnim mostom – k tomu, zbog podjednake trošnosti, ograničene nosivosti, sav se teret morao pretovarivati – i to je bio razlog biskupove nevoljkosti da se slike otpreme još ujesen 1882. godine.
U Akademijinu Arhivu sačuvano je pet tovarnih isprava vezanih uz prijevoz umjetnina od Vrpolja do Zagreba. Prve se dvije odnose na mjesec lipanj, a ostale su izdane u srpnju. Na svakoj je jasno naznačen broj sanduka u kojima su slike prevožene. Iz njih je također razvidan smjer kojim se teret prevozio te vrijeme kada su udareni pečati ishodišnih i odredišnih postaja. Jasno je vidljiv potpis Kršnjavoga, koji djeluje u Strossmayerovo ime, kao i adresat: Akademija.
Akademija je željezničkim društvima isplatila cjelokupan iznos troškova prijevoza, nakon čega su joj ista, na temelju tovarnica, refundirala uplaćena sredstva, pri čemu su neka društva odobrila potpun oprost troška, a druga su snizila cijene. U konačnici je biskupa prijevoz stajao tek petinu stvarne vrijednosti. Za dopremu sanduka od kolodvora do Palače potrošeno je dodatnih stotinu forinti.
Ova akademija bila se je obratila na visoku zem. vladu s molbom, da izhodi kod ravnateljstvah dotičnih željeznicah oprost ili barem obaljenje vozarine za galeriju slikah. Kr. zem. vlada dojavila je akademiji u odpisih, od kojih Vam se priepisi šalju, da je južna željeznica obalila vozarinu na pol ciene, dokazom priložene karte; a državna željeznica da će vozarinu povratiti. Od ostalih ravnateljstvah nije stigao odgovor. Izvolite prema tomu udesiti svoj postupak od odpremanja galerije slikah. U Zagrebu 7/6 1883. Jug. ak.
P. u. Veleučenomu gospodinu profesoru Dru. I. Kršnjavomu u Djakovo(Pismo Akademije Kršnjavome u Đakovo glede odluka Ravnateljstva Južne željeznice te Državne željeznice vezanih uz troškove dopreme umjetnina, 7. lipnja 1883. (vlasništvo/imatelj: Arhiv HAZU))
Sam Kršnjavi u Zagreb je putovao izravnijim i kraćim željezničkim pravcem, preko Broda na Savi i Siska, pri čemu je bio oslobođen troška vozarine preko rijeke Save. Naime, kako dva grada u to vrijeme još nisu bila povezana prugom, između njih se prometovalo plovnim putem.